La final se disputó el sábado 26 de junio de 1999 en el Estadio Olímpico de La Cartuja de Sevilla contra un Atlético de Madrid que hizo una mala temporada pero tuvo un camino más plácido en Copa. El gol de penalti de Fernando Torres en el minuto 89 dio el XXII Trofeo Villa de Leganés al camiseta de alemania Atlético.
