El Stuttgart siguió jugando como uno de los mejores equipos del país, consiguiendo el 4° y 5° posición en la Bundesliga en 2003-04 y 2004-05 respectivamente, y nuevamente participando en la Liga de Europa, pero sin gran éxito. El Stuttgart tiene el programa más exitoso de Alemania en el campeonato juvenil alemán. Bundesliga en la temporada 2002-03. En julio de 2003, camisetas de alemania Erwin Staudt se convirtió en el nuevo presidente del club.
