En este período Ernesto se dedicó a su carrera y comenzó a trabajar como asistente en una clínica especializada en alergias que se dedicaba a la investigación del asma, dirigida por el Dr. Salvador Pisani. El Che ocultó su asma, se destacó en el entrenamiento militar y se convirtió en uno de los líderes del grupo. En abril llegaron al Cusco, la antigua capital del Imperio Inca. En la facultad de Medicina conoció a Berta Gilda Tita Infante, una cordobesa militante universitaria comunista con la que mantendría una fuerte amistad por el resto de su vida.
